國外常用的醫(yī)學類數據庫
MIMIC-III/IV
MIT推出的重癥監(jiān)護病房(ICU)患者數據庫,包含生命體征、實驗室檢查、用藥記錄等(需申請訪問)。
官網:https://mimic.mit.edu/
eICU Collaborative Research Database
Philips與MIT合作的多中心ICU數據庫,覆蓋美國多家醫(yī)院數據。
UK Biobank
英國50萬人的健康數據,包括臨床記錄、基因組、影像等(需申請)。
官網:https://www.ukbiobank.ac.uk/
All of Us Research Program
美國NIH主導的百萬級人群健康數據庫,涵蓋多樣化人群。
官網:https://allofus.nih.gov/
NCBI GeneBank & dbGaP
美國國家生物技術信息中心(NCBI)的基因序列數據庫和基因型-表型數據庫(需申請)。
官網:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
TCGA (The Cancer Genome Atlas)
癌癥基因組數據,涵蓋33種癌癥的分子特征和臨床數據。
官網:https://www.cancer.gov/tcga
GTEx (Genotype-Tissue Expression)
正常人體組織的基因表達與調控數據。
官網:https://gtexportal.org/
ClinVar
疾病相關基因變異的臨床解讀數據庫。
The Cancer Imaging Archive (TCIA)
癌癥影像數據集(CT/MRI/PET等),與TCGA配套。
官網:https://www.cancerimagingarchive.net/
CheXpert
斯坦福大學的胸部X光數據集,用于肺炎等疾病檢測。
OASIS
阿爾茨海默病研究的腦部MRI數據集。
官網:https://www.oasis-brains.org/
PubChem
化學化合物、藥物活性及分子結構數據庫。
官網:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
DrugBank
藥物靶點、作用機制和藥代動力學數據。
官網:https://go.drugbank.com/
ChEMBL
歐洲分子生物學實驗室(EMBL)的藥物活性數據。
WHO Global Health Observatory
世界衛(wèi)生組織的全球疾病負擔、疫苗接種等數據。
官網:https://www.who.int/data/gho
CDC WONDER
美國疾控中心的死亡、傳染病、環(huán)境健康數據。
官網:https://wonder.cdc.gov/
Our World in Data
全球健康、疾病和疫苗接種的可視化數據。
SEER (Surveillance, Epidemiology, and End Results)
美國國家癌癥研究所的癌癥發(fā)病率和生存率統計。
FAIRsharing
生物醫(yī)學數據庫的標準化目錄(可檢索領域特定數據庫)。
數據權限:部分數據庫(如UK Biobank)需申請并通過倫理審查。
數據格式:注意數據類型(如DICOM、FASTQ、CSV)及配套元數據。
工具支持:許多數據庫提供API或專用工具(如TCIA的NBIA工具)。
根據研究需求選擇合適的數據庫時,建議查閱相關論文或平臺文檔以確認數據的覆蓋范圍和訪問流程。
國家健康醫(yī)療大數據中心(中國多個區(qū)域中心)
上海申康醫(yī)聯中心:覆蓋上海市38家三甲醫(yī)院臨床數據。
北京大學健康醫(yī)療大數據國家研究院:提供多中心臨床研究數據支持。
由國家衛(wèi)健委主導,分布在 北京、上海、江蘇、福建、山東 等地,整合了區(qū)域性醫(yī)院的電子病歷(EHR)、影像、檢驗等數據(需申請權限)。
示例:
中國醫(yī)院質量監(jiān)測系統(HQMS)
國家衛(wèi)健委醫(yī)院管理研究所主導,涵蓋全國三級醫(yī)院的病案首頁數據(需申請)。
中國卒中中心聯盟(CSCA)數據庫
全國卒中患者的臨床診療數據,用于腦血管病研究。
中國國家基因庫(CNGB, 深圳)
全球領先的綜合性基因數據庫,存儲中國人群基因組數據(需申請)。
官網:https://www.cngb.org/
中國人類遺傳資源共享平臺(GSA-Human)
由科技部支持,提供基因組、表觀組等數據(需審批)。
官網:https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/
國家生物信息中心(CNCB)/ 國家基因組科學數據中心(NGDC)
整合多個子數據庫(如GVM、GSA),涵蓋微生物、癌癥、新冠等數據。
官網:https://ngdc.cncb.ac.cn/
中醫(yī)藥大數據中心(國家中醫(yī)藥管理局)
整合中醫(yī)診療方案、方劑、針灸等數據。
TCMID (Traditional Chinese Medicine Integrated Database)
中藥成分、靶點及疾病關聯數據庫。
訪問:http://www.megabionet.org/tcmid/
TCMSP (中醫(yī)藥系統藥理學數據庫)
中藥活性成分、ADME參數及靶點預測工具。
官網:https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
中國疾病預防控制中心(CDC)公共衛(wèi)生科學數據中心
傳染病報告、慢性病監(jiān)測、營養(yǎng)健康等數據(部分公開)。
官網:http://www.phsciencedata.cn/
中國癌癥登記中心(NCCR)
發(fā)布《中國腫瘤登記年報》,提供地區(qū)性癌癥發(fā)病率數據。
中國心血管病登記(China PEACE)
全國性心血管病診療和預后研究數據庫。
中國醫(yī)學影像AI數據庫(如LUNA16)
肺部CT影像數據集,用于肺結節(jié)檢測算法開發(fā)。
EyePACS (中國糖尿病視網膜病變數據集)
眼底圖像數據,與國際項目合作。
國家人口健康科學數據中心(NPHC)
整合臨床、基礎醫(yī)學、公共衛(wèi)生等多領域數據(需注冊)。
官網:https://www.ncmi.cn/
萬方醫(yī)學網 / 中國知網(CNKI)醫(yī)學庫
中文醫(yī)學文獻數據庫,含臨床指南、病例報告等。
數據權限:國內醫(yī)學數據通常需通過倫理審查和行政審批(如《人類遺傳資源管理條例》)。
語言:部分數據庫僅提供中文界面。
區(qū)域覆蓋:不同數據庫的地域代表性差異較大(如城鄉(xiāng)差異)。
如果需要使用這些數據庫,建議通過官方渠道聯系相關機構,并關注 國家科技資源共享服務平臺(https://www.escience.org.cn/)的最新動態(tài)。
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